El INES cuenta con ocho líneas de investigación organizadas bajo el gran área principal "Ciencias Sociales y Humanidades". Dentro de cada una de ellas se ubican los ejes temáticos específicos que desarrollan los diferentes grupos.

DESARROLLO Y TERRITORIO.
HISTORIA SOCIAL Y ECONÓMICA DE ENTRE RÍOS, SIGLOS XIX Y XX.
POLÍTICAS PÚBLICAS, MERCADO DE TRABAJO Y TRANSFERENCIAS MONETARIAS.
TIC, CONOCIMIENTO Y CULTURA PARA LA INCLUSIÓN SOCIAL.
ETNOGRAFÍA Y PROCESOS DE COMUNICACIÓN Y EDUCACIÓN POPULAR.
PENSAMIENTO SOCIOPOLÍTICO MODERNO Y CONTEMPORÁNEO.
EDUCACIÓN, POLÍTICAS Y SOCIEDAD EN ENTRE RÍOS.
FEMINISMOS, SEXUALIDADES Y ESTUDIOS DE GÉNERO.