El INES cuenta con siete líneas de investigación organizadas bajo el gran área principal "Ciencias Sociales y Humanidades". Dentro de cada una de ellas se ubican los ejes temáticos específicos que desarrollan los diferentes grupos.

DESARROLLO, TERRITORIO, AMBIENTE Y PROSPECTIVA ESTRATÉGICA
HISTORIA SOCIAL Y ECONÓMICA DE ENTRE RÍOS
TECNOLOGÍAS DE COMUNICACIÓN, CONOCIMIENTO Y CULTURA
JUVENTUDES: EDUCACIÓN, TRABAJO Y PRODUCCIÓN CULTURAL
PENSAMIENTO SOCIOPOLÍTICO MODERNO Y CONTEMPORÁNEO
EDUCACIÓN Y POLÍTICA EN PERSPECTIVA HISTÓRICA
FEMINISMOS, SEXUALIDADES Y ESTUDIOS DE GÉNERO