El INES cuenta con siete líneas de investigación organizadas bajo el gran área principal "Ciencias Sociales y Humanidades". Dentro de cada una de ellas se ubican los ejes temáticos específicos que desarrollan los diferentes grupos.

DESARROLLO Y TERRITORIO
HISTORIA SOCIAL Y ECONÓMICA DE ENTRE RÍOS.
TIC, CONOCIMIENTO Y CULTURA PARA LA INCLUSIÓN SOCIAL
ETNOGRAFÍA Y PROCESOS DE COMUNICACIÓN Y EDUCACIÓN POPULAR
PENSAMIENTO SOCIOPOLÍTICO MODERNO Y CONTEMPORÁNEO
POLÍTICAS PÚBLICAS, EDUCACIÓN Y TRABAJO
FEMINISMOS, SEXUALIDADES Y ESTUDIOS DE GÉNERO